Bir zamanlar yetenekleri ile kimsenin baş edemeyeceği karanlığın insanları vardı. Sadece savaşmak için yaşayan bu gölgelerin savaşçıları “Shinobi” olarak bilinirlerdi. Iga ve Koga iki köyün ninja soylarıydı. Her iki boyunda farklı üstünlükleri vardı. Her iki boyda 400 yıl boyunca Shinobi’nin gizemli sanatları ile sayısız ninja yetiştirmişlerdi.Yüzyıllar süren savaşlardan sonra topraklara barış gelir ve Shinobi boyundan gelen bir adam bir başka boydan kızla tanışır ve hikayemiz burada başlar.