Dünyaya bebekken gelen iki uzaylı çocuktan biri şehrin sevileni kusursuz bir süper kahraman (Metro Man) olurken, diğeri şanssızlıklar yüzünden baş belası bir dahi süper kötü (Megazeka) olmuştur. Yıllar süren amansız mücadelenin ardından Megazeka'nın beklenmedik bir şekilde rakibini alt etmesiyle hikaye başlar. Çünkü artık ezeli düşmanını yenen kötü adam, hayattaki varoluş amacını yitirmiştir. Bu büyük boşluğu doldurmak için attığı çılgın adımlar, onu hiç tahmin etmediği trajikomik ve eğlenceli bir kimlik arayışına sürükler.