Espirili kaptan Frank Wolff (Johnson) ve gözü pek araştırmacı Dr. Lily Houghton (Blunt), Amazon'un tehlikeli ama büyüleyici dünyasında unutulmaz bir yolculuğa çıkıyor. Lily, Londra'dan Amazon ormanlarına uzanan bir keşif için Frank'in külüstür teknesi La Quila ile anlaşır. Amacı, tıp dünyasını değiştirebilecek gizemli bir ağacın sırrını çözmektir. Ancak bu yolculuk, beklediklerinden çok daha tehlikeli olacaktır. Nehrin derinliklerinde, aldatıcı güzelliğe sahip yağmur ormanlarında saklanan doğaüstü tehditlerle karşılaşan ikili, güvenilmez rehberler, ölümcül tuzaklar ve kadim bir efsanenin sırlarıyla yüzleşmek zorunda kalır. Kayıp ağacın gücü ortaya çıktıkça, hem kendi kaderleri hem de insanlığın geleceği tehlikeye girer.