Dünyanın dört bir yanındaki polis güçleri tarafından tutulan güvenlik kameralarını birbirine bağlayan bir deniz tesisi olan Pacific Buoy, Tokyo'daki Hachijojima Adası yakınlarındaki sularda inşa edildi ve dünyanın dört bir yanından mühendisleri tam ölçekli operasyon için bir araya getirdi. Yüz tanıma sistemi kullanılarak yeni bir teknoloji test ediliyordu. Bu arada, Conan ve diğer çocuk dedektifler, Sonoko'nun daveti üzerine balina izlemek için Hachijojima'ya gelmişlerdi. Daha sonra Conan, Subaru Okiya'dan (Shuichi Akai) bir Europol çalışanının Almanya'da siyah bir örgüt olan cin tarafından öldürüldüğü haberini alır. Rahatsız olan Conan, bir kadın mühendisin siyah bir örgüt tarafından kaçırıldığı Pasifik Şamandırası'na sızar. Ve Hachijojima'da kalan Haibara'nın üzerinde siyah bir gölge sürünür.