Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki ve Fuu Hououji, Tokyo Kulesi'ne yaptıkları görünüşte normal bir okul gezisinde karşılaştıklarında kader tarafından bir araya getirilen yabancılardır. Büyük bir ışık parlaması eşliğinde, gizemli bir kadının "Cephiro"yu kurtarmak için yakarışını duyarlar ve ortaokul kadın kahramanları aniden dev bir uçan balık tarafından süpürülür. Daha sonra, Usta Büyücü Clef adında bir adamla karşılaştıkları bilinmeyen bir diyara varırlar.

Clef, kızlara Prenses Emeraude tarafından Sihirli Şövalyeler olarak kaderlerini gerçekleştirmeleri ve Cephiro'da barışı ve dengeyi yeniden sağlamaları için çağrıldıklarını bildirir. Bir zamanlar canlı ve huzurlu olan topraklar, Baş Rahip Zagato'nun Cephiro'nun istikrar direği görevi gören prensesi hapse atmasından bu yana kargaşa içinde. Sihirli Şövalyeler, Clef'in sözlerini gönülsüzce gerçek olarak kabul eder ve Cephiro'yu kötülüğün pençelerinden kurtarmak için bir yolculuğa çıkar.